Les organes de la CGT-B sont définis de l'article 11 des statuts. Ce sont:

· Au niveau national :

- le Comité Confédéral National (CCN) ;
- le Bureau National Confédéral (BNC);
- la Commission de Contrôle (CC).

· Au niveau Régional :

- le Comité Confédéral Régional (CCR) ;
- le Bureau Régional Confédéral (BRC).

· Au niveau Local :

- le Bureau Local Confédéral (BLC)

La CGT-B dispose également de commissions spécialisées près le BNC, d'un journal "Le Travail" et d'une Institution : L'Ecole Démocratique et Populaire (EDP) dont la Direction Générale Nationale est nommée par le BNC.